Бухта в Тауйской губе Охотского моря изначально называлась Волок, а по-эвенски Мивкан. Предположительно считается, что бухта была открыта русскими мореходами ещё в 40-е гг. XVII в. Название Волок идет не от слов «волочить», «переволакивать», а от слова «обволакивать», то есть укрывать, защищать, например, от ветров. «Почти посредине северного берега Тауйской губы, в меридиане острова Завьялова, расположена бухта Нагаева…, – пишет гидрограф Б. В. Давыдов в «Лоции побережий РСФСР, Охотского моря и восточного берега полуострова Камчатки с островом Карагинским включительно» (Владивосток, 1923). – Сам перешеек выполнен холмистыми возвышенностями до 400 футов высотою над уровнем моря, склоны которого во все стороны весьма пологи и покрыты довольно густым лесом. Этот невысокий перевал, или, по-местному, волок, из бухты в губу и послужил причиной прежнего названия бухты. Эта бухта по справедливости может быть названа лучшей якорной стоянкой во всём Охотском море».
Главное Гидрографическое управление Российской империи переименовало бухту по просьбе участников гидрографической экспедиции М. Е. Жданко, работавшей в Тауйской губе Охотского моря, в честь выдающегося гидрографа и картографа XVIII в. А. И. Нагаева. Адмирал Нагаев руководил большим числом гидрографических экспедиций, и хотя никогда не был на востоке России, но прекрасно знал эту территорию по письмам своих воспитанников из Морского корпуса, которым руководил.
Летом 1928 г. на охотском побережье высадились участники Первой Колымской геолого-разведочной экспедиции под руководством Ю. А. Билибина. Помощник Билибина В. А. Цареградский вспоминал: «Бухта Нагаева! В то памятное лето 1928 года она показалась нам зелёным оазисом среди серых скал, выстроившихся у входа в неё. Спокойная гладь воды, отражённое в ней зеленовато-жёлтое небо в рамке буйной зелени деревьев и кустарников, покрывших её берега. На всём побережье Охотского моря нет более удобной стоянки для судов… Поэтому когда ко мне обратился… товарищ Лукс, желавший узнать, где можно найти подходящее место для постройки культбазы, я, не задумываясь, указал ему на бухту Нагаева».
Заместитель председателя Дальневосточного краевого Комитета Севера К. Я. Лукс в сентябре 1928 г. побывал в бухте Нагаева и одобрил ее, как место, расположенное как бы в центре всех эвенских туземных районов Охотского побережья. В 1929 г. на берегу бухты были поставлены сборные домики Восточно-Эвенской (Нагаевской) культбазы. В начале 1930-х гг. побережье бухты называли «ситцевым городком», так как здесь стояло множество палаток из разноцветного ситца. 4 февраля 1932 г. в бухту прибыл пароход «Сахалин», доставивший руководство государственного треста «Дальстрой» во главе с Э. П. Берзиным. С этого момента началось широкомасштабное освоение Колымы и Охотского побережья. 6 декабря 1933 г. был официально открыт морской порт Нагаево, переименованный в 1979 г. в порт Магадан.
В годы политических репрессий 1930-х – начала 1950-х гг. и в последующее время название «Бухта Нагаева» наряду с наименованиями «Колыма», «Магадан» стало одним из символов ГУЛАГа.
Сегодня бухта Нагаева – одна из главных достопримечательностей Магадана и любимых мест отдыха горожан. Здесь обустроен пляж и смотровая площадка, с которой открывается чудесный вид на море. Летом 2014 г. в исторически значимом для Магадана месте открыли новый сквер «Морской», в декабре 2019 г. на побережье бухты Нагаева открылся парк «Маяк», – самый масштабный объект общественного пространства за последние годы. А в феврале 2021 г. началась реализация «пилотного» проекта по подъёму затонувших судов в бухте Нагаева во исполнение утверждённой правительством РФ «дорожной карты» по подъёму и удалению судов, затонувших в акватории Дальневосточного федерального округа.
СМ.: Бабкин П. В. Кто, когда, почему / П. В. Бабкин. – Магадан, 1968. – С. 93–94; Щербинин Б. Г. Там, где геологи прошли / Б. Г. Щербинин, В. В. Леонтьев. – Магадан, 1980. – С. 96–97; Волков Г. Г. Бухта добрых надежд // Волков Г. Г. Золотая Колыма. – Магадан, 1984. – С. 232–238; Козлов А. Адмирал Нагаев и его бухта // Магадан. правда в пятницу. – 2004. – 2 апр. – С. 22 : ил.; Смирнова В. Святая земля – Магадан : (прогулка по ночному городу) / В. Смирнова, И. Борщевская, А. Фесик // Дальневост. капитал. – 2009. – С. 53–55; В Магадане открыли новый сквер «Морской». – Текст : электронный // Колыма.ru. – URL: https://kolyma.ru/index.php?newsid=45113 (дата обращения: 07.06.2021); В Магадане открыли парк «Маяк». – Текст : электронный // Колыма.ru. – URL: https://kolyma.ru/index.php?newsid=86247 (дата обращения: 07.06.2021).